所有發酵的微生物屬于“好氧的”都存在消泡的問題。據估計目前有機硅消泡劑在這些行業用量只占這些行業消泡劑總體使用量的1/10左右，甚至還不到。

同樣使用消泡劑的另一大行業是生物發酵，它包括青霉素、土霉素等常用的抗菌素，獸藥如桿菌肽鋅，食品如谷氨酸、賴氨酸、檸檬酸、啤酒等等。凡是發酵的微生物屬于“好氧的”都存在消泡的問題。據估計目前有機硅消泡劑在這些行業用量只占這些行業消泡劑總體使用量的1/10左右，甚至還不到，只是在發酵底料中用一些，用以在發酵初期抑制泡沫的產生， 在整個發酵過程中的消泡仍然在大量的使用聚醚。是普通乳液型有機硅消泡劑不能勝任發酵的特殊要求嗎?回答是肯定的。

目前普通的乳液型有機硅消泡劑無法勝任發酵的特殊要求，因為發酵消泡劑在使用前要經過125℃以上高溫殺菌，有的甚至還要加部分水稀釋以后再高溫殺菌。這個高溫足以使所有的耐酸堿高溫消泡劑(乳液型消泡劑)，產生破乳、漂油、分層、油水分離，而乳液型有機硅消泡劑只有當它是乳化狀態時，才具有良好的消泡性;其次，有機硅乳液型消泡劑，對于粘度大的富含淀粉和蛋白質的起泡液，消泡速度慢、消泡效果差。這正好像聚醚類消泡劑用來消除表面活性劑水溶液的泡沫消泡慢、效果差一樣。由于消泡理論國際上尚無統一的認識，因此學術界對它的研究一直在進行，國際上最新的消泡理論，把消泡劑分成“快消泡劑”和“慢消泡劑”兩種類型，“快消泡劑”的消泡機理是所謂消泡活性物顆粒的“架橋”、“去濕”機理，而“慢消泡劑”的消泡機理是所謂“PBS區排濕”原理，兩者機理不同。

耐酸堿高溫消泡劑在發酵液中的快速消泡能力，使得它能在泡沫大量產生時迅速的消除泡沫，防止泡沫從發酵罐的排氣孔溢出，造成染菌等生產事故;所以能在發酵行業得到廣泛的應用。但是最大的缺點是沒有抑泡能力，或者說抑泡能力極差。凡熟悉發酵的人都知道，當發酵的泡沫被加入聚醚消泡劑消除到能見到液面后，幾乎在同時泡沫又開始生起，并逐漸積累上升到原來的高度，這期間并沒有泡沫不再產生的時間，也就是常說的消泡劑的抑泡時間。這些缺陷是由聚醚的分子結構所決定的。